物理与天文学院现有物理学、天文学（熊庆来天文菁英班）、数理基础科学、光电信息科学与工程四个本科专业。物理学、天文学专业分别于2020和2022年入选国家级一流本科专业建设，数理基础科学、光电信息科学与工程专业于2022年入选省级一流本科专业建设，数理基础科学专业是云南省唯一的“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”。